Arrêts de travail : ce qui change le 1er septembre pour les RH

Le plafonnement de la durée des arrêts maladie est l’une des nouveautés de la rentrée qui aura le plus d’impact sur le quotidien des RH. Pour rappel, le décret du 12 juin 2026 fixe des durées maximales pour tout arrêt maladie prescrit à partir du 1er septembre. Un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme ne peut plus délivrer un arrêt initial de plus de 31 jours. Pour un renouvellement, le plafond est porté à 62 jours. Les praticiens conservent la faculté de dépasser ces seuils, à condition de le justifier par écrit sur l’avis d’arrêt. Cette nouvelle règle ne s’applique qu’aux prescriptions et prolongations établies après le 1er septembre.

Selon une étude publiée par Malakoff Humanis en juin 2026, 32 % des salariés ont été au moins une fois en arrêt de travail, en France, en 2025. Avec un taux de 4,3 %, l’absentéisme est en hausse de 25,5 % par rapport à 2019. Une progression tirée par l’augmentation des arrêts longs : les absences de plus de 60 jours ont crû de 4,9 % sur une année. Pour la première fois, les troubles de santé mentale deviennent le premier motif d’arrêt maladie de plus de 30 jours, devant les troubles musculosquelettiques.

Un suivi administratif qui s’intensifie mécaniquement

Côté RH, le principal changement concerne le rythme et le volume de documents à gérer : un salarié absent plusieurs mois génère désormais un nouvel avis d’arrêt à réceptionner et à traiter tous les deux mois au maximum.

Ce rythme plus soutenu touche directement la paie et la subrogation. Un renouvellement reçu hors délai peut bloquer le versement des indemnités journalières et gripper la continuité du dossier. Pour vous prémunir de ce risque, pensez à vérifier les échéances des arrêts de travail en cours avant chaque fin de mois.

Autre point à avoir à l’esprit : un médecin peut désormais solliciter l’avis du service du contrôle médical de l’Assurance maladie au-delà de trois mois de renouvellement continu. Ce n’est pas une obligation, mais une faculté ouverte par le texte. Selon les conclusions du contrôle, cela peut conduire à un réexamen de la situation du salarié.

Une fenêtre supplémentaire pour anticiper les retours

Depuis janvier 2026, la visite médicale de pré-reprise est désormais possible dès 30 jours d’arrêt, contre trois mois auparavant. Cette visite chez le médecin du travail n’est pas obligatoire, mais peut être organisée à la demande du salarié, du médecin traitant ou du médecin du travail. Elle permet de repérer plus tôt les situations qui nécessitent un accompagnement, un aménagement de poste ou d’horaires à la reprise du travail.

Côté SIRH, vérifiez que vos outils de gestion des absences sont paramétrés pour générer une alerte avant la fin de chaque période. Sur les dossiers déjà en cours, identifiez ceux dont une prolongation pourrait être prescrite après le 1er septembre : ce sont eux qui basculent en premier dans le nouveau régime.

Des absences longues à piloter par tranches

La réforme change aussi la lisibilité des absences pour les managers et les équipes RH chargées de planifier les effectifs. Jusqu’ici, un arrêt long pouvait être prescrit en une seule fois, sur plusieurs mois. Désormais, la durée maximale d’une prolongation est de 62 jours. Un salarié absent six mois génère donc au moins trois renouvellements successifs, chacun avec sa propre date de fin.

Pour les postes en tension ou les équipes réduites, cette segmentation modifie la façon d’anticiper. La date de retour probable reste incertaine, mais le calendrier des renouvellements, lui, est prévisible. Intégrer ces échéances dans votre outil de planification vous permet d’adapter les renforts ou la redistribution des tâches par tranches, plutôt que d’attendre une décision médicale de dernière minute.